Ómicron aumenta presencia en Costa Rica: se confirma en 44 cantones

En las últimas dos semanas, se realizó un análisis genómico completo (estudio gen por gen, para detectar mutaciones) de 93 muestras, de las cuales 77 (el 82,8%) fueron de ómicron y 16 correspondieron a la variante delta. Desde inicios de año este estudio no refleja otras variantes del virus.

En total, este análisis detallado ha encontrado 220 muestras confirmadas de ómicron que provienen de todo el país. Las últimas 77 muestras, corresponden a 76 nacionales y un extranjero; 50 mujeres y 27 hombres con edades entre 1 y 89 años. Además, 10 de los costarricenses indicaron haber viajado recientemente al extranjero, específicamente a Estados Unidos (Los Ángeles, Miami y Orlando) y México.

La distribución por cantones y provincias es la siguiente.

• San José: Acosta, Alajuelita, Aserrí, Curridabat, Desamparados, Dota, Escazú, Goicoechea, Mora, Moravia, San José, Tarrazú, Tibás y Vásquez de Coronado.
• Alajuela: Central, Atenas, Guatuso, Naranjo, Orotina y San Carlos.
• Heredia: Barva, San Pablo, San Rafael y Santo Domingo.
• Puntarenas: Central, Golfito, Montes de Oro y Parrita.
• Cartago: Central, La Unión, Oreamuno, Paraíso y Turrialba.
• Guanacaste: Abangares, Carrillo, La Cruz, Liberia, Nandayure, Nicoya, Santa Cruz y Tilarán.
• Limón: Limón, Guácimo y Pococí.

Los dos análisis anteriores habían confirmado la presencia de esta variante en otros cantones, como Montes de Oca, Puriscal, Santa Ana, Río Cuarto, Grecia, el cantón central de Heredia, Garabito, Quepos y Talamanca. Se había detectado en 53 cantones, dos de cada tres del territorio nacional.

En este último estudio, 27 de las 77 personas requirieron atención en los servicios de Emergencia, pero ninguna fue hospitalizada, según el documento. 74 casos presentaron síntomas, que incluyen dolor articular y muscular, dolor de cabeza, dolor de garganta, fiebre, tos, congestión nasal y rinorrea (”moquera”). Tres personas no registraron síntomas.

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Mayor presencia en análisis preliminar

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No todas las muestras que llegan al Inciensa y a otros laboratorios de la red son sometidas a análisis genómico, que es la única forma de verificar si pertenece o no a una variante. Sin embargo, a todas ellas sí se les realiza una prueba de tamizaje para mutaciones de SARS-CoV-2 cuyo resultado puede sugerir, con una alta probabilidad, si se trata de la ómicron.

Este estudio también estima una mayor presencia de esta variante de preocupación. Por ejemplo, para la semana del 12 al 18 de diciembre del 2021, un 20,99% de las muestras procesadas fueron probables casos ómicron; una semana después, el porcentaje aumentó a 69,87%. Para la semana del 26 de diciembre al 1.° de enero subió a un 84,13%. La semana más reciente para la cual hay datos es la comprendida entre el 2 y el 8 de enero 2022, donde las probabilidades de ómicron llegaron al 89,92%.

La distribución territorial de las muestras positivas por este tamizaje puede ser consultada en el siguiente enlace https://bit.ly/3HUph8n.

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¿Cómo ‘se busca’ a ómicron?

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El microbiólogo Hebleen Brenes, encargado del evento del SARS-CoV-2 en el Centro de Referencia de Virología del Inciensa (laboratorio que ve todos los virus respiratorios), y Francisco Duarte, director del Laboratorio de Genómica de esa misma institución, explicaron días atrás cómo se realiza una búsqueda activa de las diferentes variantes de preocupación (VOC, por sus siglas en inglés).

Según dijeron, la vigilancia genómica comienza desde que las personas acuden a los laboratorios públicos y privados a realizarse una prueba diagnóstica; un porcentaje de las pruebas que dan positivas son enviadas al Inciensa para su análisis. Ante el anuncio de ómicron, esta vigilancia se ha intensificado.

Hay muestras que se toman con carácter prioritario para estas pesquisas. Dentro de ellas están:

• Las personas que ingresan al país. Esto incluye a turistas y a nacionales y residentes que estuvieron fuera del país y manifiestan síntomas en los primeros 14 días posteriores a su ingreso. Esto es fundamental para “cercar” posibles casos infectados en el extranjero que importaran la variante.
• Focos o clústeres de infección en zonas determinadas. Brenes explica que al ser ómicron tan potencialmente transmisible, un aumento inusitado de casos relacionados entre sí o en una zona determinada podría ser señal de aparición de la variante.
• Personas vacunadas o reinfecciones. Algunas de las mutaciones que contiene ómicron dan indicios de que podrían escapar a la protección generada por la infección natural o por las vacunas. Por ello, se le presta atención a este tipo de casos, ya que hay más probabilidades de que se trate de ómicron.

Sin embargo, el Inciensa recibe otro tipo de muestras positivas que no entren dentro de esta priorización para poder tener la mayor variedad posible.

Lo primero que se hace con las muestras obtenidas del laboratorio es ver, a través de un análisis de PCR, si alguna de ellas tiene alguna característica genética que la diferencia de delta, y que indiquen que pueda ser ómicron. De este proceso se encarga el Centro de Referencia de Virología.

A esas muestras que son filtradas por el tamizaje y presentan algunas características específicas de ómicron se les debe hacer un análisis más profundo para confirmar o descartar que realmente lo sean.

Si se determinara que una muestra tiene algunas características compatibles con ómicron se realiza el paso definitivo. Llega al Laboratorio de Genómica, coordinado por Duarte, y ahí se hace un análisis gen por gen del virus.

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